Apache 的一个优势便是其灵活的模块结构，其设计思想也是围绕模块（Modules）概念而展开的。安全模块是Apache Server中的极其重要的组成部分。这些安全模块负责提供Apache Server的访问控制和认证、授权等一系列至关重要的安全服务。

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mod_access模块能够根据访问者的IP地址（或域名，主机名等）来控制对Apache服务器的访问，称之为基于主机的访问控制。

mod_auth模块用来控制用户和组的认证授权（Authentication）。用户名和口令存于纯文本文件中。mod_auth_db和mod_auth_dbm模块则分别将用户信息（如名称、组属和口令等）存于Berkeley-DB及DBM型的小型数据库中，便于管理及提高应用效率。

mod_auth_digest模块则采用MD5数字签名的方式来进行用户的认证，但它相应的需要客户端的支持。

mod_auth_anon模块的功能和mod_auth的功能类似，只是它允许匿名登录，将用户输入的E-mail地址作为口令。

SSL（Secure Socket Lager），被Apache所支持的安全套接字层协议，提供Internet上安全交易服务，如电子商务中的一项安全措施。通过对通讯字节流的加密来防止敏感信息的泄漏。但是，Apache的这种支持是建立在对Apache的API扩展来实现的，相当于一个外部模块，通过与第三方程序的结合提供安全的网上交易支持。